Mae'r pwmp ffynnon ddwfn yn cynnwys tair rhan yn bennaf: y rhan uchaf yw'r modur trydan, y rhan ganol yw'r bibell gyflenwi dŵr a phen isaf y siafft drosglwyddo yw rhan weithredol y pwmp ffynnon dwfn, sydd wedi'i foddi o dan y wyneb yn dda.
Gellir rhannu pympiau ffynnon dwfn yn bympiau allgyrchol fertigol aml-gam segmentiedig. Yn ôl nodweddion strwythurol pympiau ffynnon ddwfn, mae defnydd cywir a datrys problemau amserol yn hanfodol ar gyfer sicrhau gweithrediad diogel pympiau ffynnon ddwfn ac ymestyn eu bywyd gwasanaeth.
Cyn dechrau'r pwmp ffynnon ddwfn, rhaid llenwi'r bibell sugno a'r pwmp â hylif. Ar ôl troi'r pwmp ymlaen, mae'r impeller yn cylchdroi ar gyflymder uchel, ac mae'r hylif y tu mewn yn cylchdroi ynghyd â'r llafnau. O dan weithred grym allgyrchol, mae'n hedfan i ffwrdd o'r impeller ac yn cael ei daflu allan. Mae'r hylif sy'n cael ei daflu allan yn arafu'n raddol yn siambr dryledu'r casin pwmp, yn cynyddu'r pwysau, ac yna'n llifo allan o'r allfa pwmp a'r bibell ollwng.
Ar yr adeg hon, mae parth pwysedd isel gwactod yn cael ei ffurfio yng nghanol y llafn oherwydd bod yr hylif yn cael ei daflu i'r amgylchoedd, nad oes ganddo aer na hylif. Mae'r hylif yn y pwll hylif yn llifo i'r pwmp trwy'r bibell sugno o dan bwysau atmosfferig ar wyneb y pwll. Mae'r hylif yn cael ei sugno i fyny o'r pwll hylif yn barhaus ac yn llifo allan o'r bibell ollwng yn barhaus.